一直到上世纪90年代，相关的论证与争论依然存在。国务院南水北调办第一任主任张基尧也曾回忆称，1997年，有一次相关部门就南水北调相关工作在开会，会上几种意见争执不下。
 
    曾任南水北调规划设计管理局局长，参与了《南水北调工程总体规划》起草全过程的北京师范大学水科学研究院院长许新宜在接受媒体采访时表示，当时主要争论的问题有三个：一是北方到底缺不缺水？如果缺，缺多少？二是水源地能调出多少？三是生态与环境问题。
 
    显然，构想通往现实的道路，并不容易走。
 
    1998年长江遭遇特大洪水。2000年、2001年，北方发生严重干旱。这加速了南水北调总体规划工程的推进。张基尧回忆：这给了我们新的启示——不仅要加强防汛工程的建设，还要利用洪水资源给北方多补水，在减少南方洪涝灾害的同时，兼顾北方对水资源的需求。
 
    2002年，中央审议通过了《南水北调工程总体规划》。随后，2003年10月，南水北调中线一期工程开工建设。
 
    水质安全是一条“调水底线”
 
    实际上，无论是开工前，还是开工后，关于南水北调中线工程的环境问题一直备受关注，而这当中关于水质的担心更是不绝于耳。
 
    “南水北调工程在开工建设之初就明确提出‘先治污后通水，先环保后用水’，确保水质安全，这是一条调水底线。”国务院南水北调办公室主任鄂竟平这样回应。
 
    “天然水资源是自然禀赋。从人与自然和谐相处的观点来看，我们不能把水吃干喝净。对于地区的发展来说，我们要考虑地区水资源的承载力，适水发展，采取“以供定需”的策略。在各行各业、全社会全面实现节水，严格需水管理，保护珍稀的水资源。”对于南水北调过程中水资源的保护和开发，刘昌明有着自己的观点。
 
    公开资料显示，丹江口水库是亚洲第一大人工淡水湖，水库最大水面面积1022.75平方公里，总库容339亿立方米，被称为汉江的天然水位调节器，有“亚洲天池”之美誉。谈及外界颇为关心的中线工程源头——丹江口水库水质情况，环境部污染防治司司长赵英民说：“（相关部门）根据2006年到2014年水质监测资料对汉江入库水进行了分析，占总入库水量90%的汉江入库水，水质稳定为优；对丹江口库体水质分析，水库库体的水质也稳定为优。”
 
    事实上，为加强南水北调中线工程水质安全与管理，国务院印发了《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持“十二五”规划》，进行源头保水。丹江口库区及上游湖北、河南、陕西三省先后关闭了一批污染严重的企业，严格审批新开工项目，同时加大了环境基础设施建设力度。
 
    除了保护水源地的水质外，南水北调中线总干渠80%以上都是露天的明渠。南水北调办公室环保司副司长范治晖对外表示，中线工程在输水总干渠两侧打造了生态走廊，在干线周围还设有绿化带、隔离带、保护带等，最大限度降低对总干渠水质的污染风险。此外，沿线每段都有退水设施，通过关闭闸门可及时截断污染水。据了解，中线干线共设有64个节制闸、60个控制闸、95个分水闸、54个退水闸，一旦发生突发污染情况，可以分段关闭闸门，通过退水闸将渠道内的污水排出，避免“问题水”北上。